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寄付金は国や公益社団法人等への指定寄付金、教育、特定公益増進法人に対する寄付金、その他寄付金があります。
通常の場合、指定寄付金以外に関しては、控除限度額の範囲があり、この控除限度額の範囲のみ損金に算入されます。
しかし、グループ法人間の寄付金（例えば子会社に対する供与等）については、たとえ寄付金控除の限度額の範囲があったとしても、全額損金算入することはできません。
また、逆に寄付を受けたグループ法人は益金不算入になります。
具体的に説明すると、A法人が業績の低迷する子会社法人Bに100万円の寄付を行ったとします。
通常の寄付金の場合には、寄付をしたA法人は限度額の範囲のみ損金算入され、寄付を受けた法人Bは雑収入として益金に算入されます。
しかし、法人Aと法人Bがグループ法人であれば、法人Aは寄付をした100万円は損金に算入されません（たとえ、限度額の枠があったとしても全額否認されます）。
そして、法人Bについても寄付を受けた100万円は益金に算入されないことになります。
結局のところ、法人間の寄付は税務上取引自体が無いことと同じと考えてよいと思います。

以上

茨城本部
大河原